Tiếp nối câu chuyện ở phần 1, nội dung Sóng Dữ 2 xoay quanh nhân vật Phan Thừa Phong, một chuyên gia gỡ bom tài giỏi, bản lĩnh nhưng hiện tại anh đã về hưu. Trong thời gian gần đây, Hong Kong liên tục xảy ra những vụ đánh bom nguy hiểm và mang lại hậu quả lớn. Một ngày nọ, Thừa Phong cũng là nạn nhân của một vụ đánh bom, anh bị thương và hôn mê. Tuy nhiên, khi tỉnh dậy thì thấy mình đang trong sự quản lý của cảnh sát, họ nghi ngờ anh cấu kết với tổ chức tội phạm Vendetta. Từ một nạn nhân Thừa Phong bỗng trở thành kẻ tình nghi số 1, nên anh đã cố gắng chạy trốn để có cơ hội minh oan cho bản thân.
Một mình chiến đấu và không có nơi lương tựa, Thừa Phong đành nhờ đến sự giúp đỡ của đồng nghiệp Đổng Trác Văn, anh cũng là một chuyên gia gỡ bom và phải lựa chọn giữa công lý và tình bạn. Cuối cùng, Trác Văn quyết định tin bạn mình và sẵn sàng làm bất cứ điều gì có thể để hỗ trợ Thừa Phong. Cùng lúc đó, bạn gái cũ của Bàng Linh cũng xuất hiện, cô hiện là thanh tra trưởng của đơn vị ứng phó khủng bố, cô thuyết phục anh liên hệ với Vendetta để tìm ra động cơ khủng bố và hành động tiếp theo của tổ chức bí ẩn này. Liệu Thừa Phong sẽ phải làm gì để vừa minh oan cho bản thân, vừa ngăn chặn được kế hoạch nguy hiểm của tổ chức tội phạm.