Tưởng chừng như seri Thời niên thiếu của Bao Thanh Thiên dừng lại sau 2 phần khi những năm sau đó không có thêm phần mới, bất ngờ tới năm 2006 thì Thời Niên Thiếu Của Bao Thanh Thiên 3 được phát hành với thời lượng dài 45 tập cùng sự trở lại của sao nhí Thích Tiểu Long lúc này đã trở thành một thiếu niên cao to tuấn tú. Trong khi, dàn diễn viên của phần này có sự thay đổi đáng kể, đảm nhiệm vai nam chính là Đặng Siêu, Triệu Dương vào vai Công Tôn Sách cùng dàn nữ rất trẻ trung xinh đẹp.
Trong Thời Niên Thiếu Của Bao Thanh Thiên 3, Bao Chửng (Đặng Siêu) bị mất trí nhớ sau khi bị rơi xuống vách núi. May mắn sống sót và được một đoàn buôn ngựa cứu chữa, Bao Chửng sau đó được đưa đến trấn Song Hỷ. Vì đã mất trí nhớ nên Bao Chửng lúc này đã trở thành Đại Bao ngốc nghếch, làm tạp vụ trong kỹ viện, cùng với tiểu nha đầu trong kỹ viện tên Tiểu Man kết thành cặp oan gia vui vẻ.
Một ngày nọ, viên quan nước Liêu và người trong kỹ viện lần lượt bị giết hại, Bao Chửng gặp họa nhưng may mắn nhờ thế mà khôi phục được trí nhớ, từ đó phá giải thành công vụ án giết người này.
Trong khi, thời điểm Bao Chửng mất tích, Triểu Chiêu thì đi Đông đi Tây còn Công Tôn Sách thì chỗ nào có vụ án là có mặt, mục đích của hai người họ chính là tìm kiếm Bao Chửng, người đã mất tích suốt hai năm nay.
Vua Nhân Tông đột ngột phong Công Tôn Sách làm Lễ Bộ Thị Lang, sai đến trấn Song Hỷ nằm ở biên giới Tống Liêu để nghị đàm. Thật bất ngờ, ngay tại nơi hoang vu hẻo lánh này, Công Tôn Sách và Triển Chiêu đã gặp lại Bao Chửng.
Đúng lúc này, viên quan nước Liêu và người trong kỹ viện lần lượt bị giết hại, Bao Chửng gặp họa được phúc, hồi phục trí nhớ,phá giải vụ án giết người này. Trở về kinh thành, Bao Chửng được vua Nhân Tông nhờ đến Chùa Ca Diếp tìm hiểu bí mật của Tam Đại Thần Khí củan gười Đông Doanh, nhằm tìm ra Thiên Mang, theo truyền thuyết đó là thuốc trường sinh bất tử, cứu sống Sài quận chúa….